Les 14 universités publiques marocaines accueillent plus de 300.000 étudiants dont 45% de filles. De nombreux autres établissements, dont les écoles d'ingénieurs publiques ou privées, complètent ce dispositif. .
La réforme du système d'enseignement supérieur mise en oeuvre par le Maroc vise à :
- doter les universités d'une autonomie renforcée,
- adapter les filières et les formations aux besoins du développement socio-économique du pays
- rénover les cursus universitaires sur le modèle du système européen LMD (Licence, Master, Doctorat).

A ce titre, la France et le Maroc ont développé de nombreux partenariats universitaires et ont élaboré un projet pluriannuel d'appui à la réforme de l'enseignement supérieur marocain, le projet ARESM.

Levier du développement, la recherche scientifique marocaine s'appuie sur une "réflexion stratégique à l'horizon 2025". Le paysage scientifique change : nouvelles institutions, financements publics, appels d'offre, regroupement d'équipes de recherche, projets "d'écoles doctorales", préoccupations de transfert et de valorisation, diffusion d'une culture de l'évaluation. La volonté d'arrimer la recherche marocaine à l'Espace Européen de la Recherche renforce l'exigence d'une coopération internationale, à laquelle la France apporte son appui en facilitant le rapprochement des chercheurs français et marocains.