La coopération de l'IRD avec le Maroc est marquée par une forte dynamique qui a vu l'ouverture en 2005 à Rabat d'une Représentation officielle de l'Institut près l'Ambassade de France. Une trentaine de programmes conjoints de recherche sont en cours de réalisation répondant à des axes prioritaires de la stratégie de recherche scientifique du Maroc (gestion des ressources naturelles, agriculture en conditions difficiles, biotechnologies, développement socio-économique, santé, …).
Ces programmes associent un ensemble de partenaires marocains et français ; ils ont souvent une dimension régionale, euro-méditerranéenne et répondent à des objectifs de coopération Nord-Sud et Sud-Sud. L'expansion des partenariats concerne également le secteur de la formation / enseignement supérieur et du soutien aux structures partenaires ainsi que celui de l'information et de la culture scientifiques